L’activité du CJB porte sur les sciences sociales du contemporain au Maroc et s’étend au Maghreb, avec un intérêt particulier pour la Mauritanie. Ses chercheurs conçoivent et mettent en place des programmes de recherche, organisent des séminaires, des colloques et des conférences. Le Centre accueille des chercheurs et des doctorants de diverses nationalités.
Son activité implique des partenariats forts avec des institutions marocaines qui s’inscrivent, pour les principaux, dans un cadre conventionnel. Elle implique aussi des partenariats avec des institutions d’enseignement et de recherche françaises, européennes et internationales.